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自2012年开始， EUROGATE 威廉港集装箱码头的熏蒸站已获得正式批准，用于出口集装箱的熏蒸以及对国外进口的集装箱进行熏蒸无残留测量。由于某些进口国家希望保护自己免受有害昆虫的侵害，只允许熏蒸过的集装箱进口。例如对于运输原木的集装箱，熏蒸自然是必不可少的。
集装箱的熏蒸站是按照《联邦排放保护法》（BimSchG）的规定来设置和装备的。现有的空间只够十个集装箱存放和熏蒸。由于对原木的需求不断增加，特别是来自中国的需求，熏蒸站这次被扩大到可存放和熏蒸40个集装箱。熏蒸站划分成两个区，每个区可存储20个集装箱。
在德国，熏蒸只能由官方批准的公司来操作。总部位于汉堡的Bertram有限责任公司在EUROGATE 威廉港集装箱码头租用场地来负责威廉港的熏蒸服务。Bertram的人员不仅对出口集装箱进行熏蒸，也负责检验集装箱的熏蒸残留。这是因为在国外熏蒸过的进口集装箱运抵德国后，开箱前需要先测量熏蒸气体的浓度，以避免员工的健康遭受损害。当熏蒸气体浓度在允许值范围内，才可从威廉港集装箱码头放行继续下一程运输。
